V doprovodu manželky Livie položil květiny k relikvii českého panovníka, umístěné ve Svatováclavské kapli. Ceremonie se zúčastnil i kardinál Miloslav Vlk a další vysocí církevní hodnostáři. Zazněl chorál "Svatý Václave", modlitba ke svatému Václavu, prosba za ty, kteří nyní vládnou republice, a požehnání českému lidu. "Dávej mu světlo, ať poznává, co je správné, ať dobře a prozíravě vykonává svůj úřad, aby byl vždycky zajištěn právní řád a svobodné rozvíjení lidské osobnosti," uvedl v prosbě za prezidenta Vlk. Při odchodu prezidenta ze Svatováclavské kaple přítomní zazpívali starobylý církevní hymnus "Hospodine, pomiluj ny". Klaus se hlásí k Československé církvi husitské. Mezi současnou hlavou českého státu a hlavou české katolické církve panují spíše chladné vztahy. Vlk již několikrát dal najevo, že zkušenosti s Klausem jako premiérem i jako prezidentem nemá kvůli jeho postojům ke vztahu státu a katolické církve příliš pozitivní. Spory se objevily v souvislosti s vlekoucím se sporem o vlastnictví katedrály sv. Víta, česko-vatikánskou smlouvou i novelou církevního zákona. Po Klausově opětovném zvolení kardinál vyjádřil přání, aby prezident splnil své předchozí sliby.Postoj k církevním otázkám se stal důležitým tématem i před letošní prezidentskou volbou. Lidovecký ministr Cyril Svoboda uvedl, že Klausovo zvolení dává reálnou šanci získat podporu pro chystané majetkové vyrovnání státu s církvemi. Klaus po jednání s lidoveckými senátory k vyrovnání státu s církvemi uvedl, že nebude blokovat řešení, na kterém se politická scéna shodne. Na setkání s křesťanskodemokratickými politiky také připustil, že by jako hlava státu nevetoval česko-vatikánskou smlouvu. Návštěva svatovítské katedrály byla novinkou dnešní inaugurace, před pěti lety Klausovo uvedení do úřadu žádné církevní obřady nedoprovázely. Když se v letech 1989 a 1993 ujímal funkce jeho předchůdce Václav Havel, sloužila se v katedrále sv. Víta děkovná bohoslužba Te Deum. Při inauguracích Tomáše Garrigua Masaryka a Edvarda Beneše se církevní obřady nekonaly. Te Deum byla sloužena při uvedení do úřadu Emila Háchy v listopadu 1938. Na mši do katedrály přišel i Klement Gottwald - jako jediný komunistický prezident.