Kolbe se vrátil z Říma zpět do Polska a začal přednášet ve františkánském semináři v Krakově. V roce 1927 princ Jan Drucki-Lubecki daroval hnutí Militia Immaculatae kousek půdy nedaleko Varšavy, aby se mohla rozvíjet jeho činnost. Hnutí tam vybudovalo své centrum, které nazvali Niepokalanov /město Neposkvrněné/ a začali vydávat různé publikace oslavující Pannu Marii. Vliv hnutí se postupně šířil po celém Polsku.

    Je nutné upozornit na to, že některé publikace, které hnutí vydávalo, obsahovaly antisemitské články. Sám Maxmilián Kolbe však nebyl jejich autorem, naopak, usiloval o to, aby nebyly zveřejňovány.
    V roce 1930 Kolbe odcestoval s několika spolupracovníky do Japonska, kde hnutí zakoupilo další kus půdy. Na místě, které v minulosti sloužilo jako pohřebiště pro nedotknutelné, postavili dům a začali s rozsáhlou publikační činností.

    O šest let později se Kolbe opět vrátil do Polska. V té době už hnutí vydávalo celkem 9 časopisů, a to s obrovským nákladem.

    Když vypukla 2. světová válka, Kolbe poslal své bratry z Niepokalanova pryč, ale sám tam zůstal. Brzy byl zatčen, poté na nějaký čas propuštěn a nakonec deportován do Osvětimi.

    A zde teprve začíná příběh mučedníka Maxmiliána Kolbeho, kterého papež Pavel VI. v roce 1970 blahořečil a poté Jan Pavel II. v roce 1981 kanonizoval jako mučedníka.

    V Osvětimi byl Kolbe znám svou skromností, nesmírnou dobrotou a odvahou. Tajně dával jídlo svým spolu-vězňům, i když jeho zdravotní stav nebyl nejlepší, působil jako zpovědník a navzdory všem zákazům sloužil mše.

    Na konci července 1941 utekl z bloku 14 jeden muž. Tehdy začali nacističtí vůdcové vyhrožovat, že pokud onen muž nebude nalezen, deset jeho spoluvězňů bude odsouzeno k smrti vyhladověním. Onen muž nebyl nalezen. A tak večer při nástupu důstojník Fritzsch, který obzvláště nenáviděl katolické kněží, začal vyvolávat jména deseti odsouzenců.
 
    Jeden z nich, když zaznělo jeho jméno, vystoupil z řady a propukl v pláč, neboť měl ženu a děti. Potom zaznělo ještě několik jmen a proces vypadal jako ukončený. V tu chvíli však z řady vystoupil ještě jeden muž - otec Maxmilián Kolbe a chtěl mluvit s důstojníkem. Když se ho důstojník zeptal, co chce, Maxmilián Kolbe řekl jenom jednu větu, která však znamenala život i smrt: „Chci zemřít místo tohoto vězně.“ Když se důstojník Fritzsch dozvěděl, že Kolbe je kněz, nechal ho odvést na místo Franciszka Gajowniczka spolu s dalšími odsouzenými do cely č. 6, kde všichni odsouzení, kromě Maxmiliána Kolbeho, během dvou týdnů vyhladověli.

    Kolbe byl při vědomí ještě v podvečer svátku Nanebevzetí Panny Marie 14.8. 1941, kdy mu byla podána smrtelná injekce.